中国—上海合作组织地方经贸合作示范区管理委员会设置9个内设机构，分别为综合部（挂党群工作部牌子）、国际物流部、现代贸易部、双向投资部、商旅文化部、海洋合作部、经济发展部（挂应急管理部牌子）、财政金融部、规划建设部。并按规定设置纪检监察机构。

上合示范区实施“管委会+公司”的管理模式，扁平化分级负责，推行公司制园区运营主体等多项重要制度。